Tháng 12 năm 2019, Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 12 quyết định kỉ luật khiển trách ông Nguyễn Văn Sơn "vì có vi phạm, khuyết điểm trong công tác lãnh đạo, kiểm tra, giám sát và xử lí các vi phạm trong kì thi trung học phổ thông quốc gia năm 2018 tại tỉnh Hà Giang". Một nguyên nhân nữa là ông có người thân nhờ nâng điểm thi cho thí sinh.[7]

Ngày 22 tháng 1 năm 2020, ông bị Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ban hành quyết định kỉ luật khiển trách do có vi phạm trong kì thi trên.[7] Lúc này, ông đang giữ chức vụ Chủ tịch UBND tỉnh Hà Giang.[7]